本发明公开了一种氯喹凝胶及其制备方法和应用。本发明还提供了一种氯喹纳米微球，含有水溶性纳米微球载体、以及氯喹或氯喹衍生物，氯喹或氯喹衍生物与水溶性纳米微球载体的质量比不超过1：3。本发明将水溶性纳米微球载体与氯喹或氯喹衍生物联合制备成纳米微球，有效解决了氯喹的副作用和抗药性问题；可延长药物在治疗部位的滞留时间，提高了药物的生物利用度和治疗效果，能有效治疗外生殖器感染性疾病，显著增加疗效；不仅拓宽氯喹的用途，拓宽其应用方案，并且其制备方法简便、易于合成，无毒副作用，安全性好，可进行新药的产业化应用。