一种防治水产动物细菌性肠炎的中药组合物的制备方法，具体步骤为：(1)将马齿苋、白头翁和黄柏进行超微粉碎，加热水提，滤出溶液并浓缩；(2)加热配制壳聚糖冰醋酸溶液；(3)将中药浸膏与壳寡糖冰醋酸溶液混合；(4)将混合物加入乳化体系进行乳化(5)乳化产物进行交联反应(6)通过洗涤、沉淀、离心、烘干方式处理交联反应产物，得到载有中药提取物的壳聚糖微球，所述制备方法简单，适合规模化工业生产的需要。