本申请提供了一种叶黄素酯提取及叶黄素酯微胶囊制备的方法，涉及生物活性物质深加工技术领域，其中，叶黄素酯从万寿菊颗粒中提取得到，之后经过浓缩、洗涤、脱残后得到叶黄素酯，将叶黄素酯通过一系列工艺，制备得到叶黄素酯微胶囊。本发明中叶黄素酯为从万寿菊颗粒中提取，原材料经济易得，没有经过分离提纯，保留了万寿菊颗粒的部分药用价值，增加了叶黄素酯的保健功效，同时采用二次包埋法还可以使得制备得到的胶囊更稳定、易存放，适用在于食品、医药等领域。并且有效解决了现有技术中对于提取设备要求较高的技术问题，进而实现了设备要求低，工艺简单，生产成本大幅度降低的技术效果。