本发明公开了一种药品不良反应预警分析系统及方法，其中，所述系统包括医生工作站平台、预警系统以及分析系统，医生工作站平台将病历信息发送给预警系统，预警系统判断病历信息中是否存在符合ADR触发规则的数据，若存在，则计算出ADR预估值并发送给分析系统，分析系统计算出ADR发生率并反馈至预警系统，预警系统将所述ADR发生率反馈至医生工作站平台，医生工作站平台选择修改用药医嘱，或者发送用药理由至预警系统和分析系统；若不存在，预警系统则向所述医生工作站平台反馈执行医嘱的提示。本发明能够在用药医嘱下达过程中，依靠计算机手段判断用药医嘱的合理性，并向医护人员提示可能存在的用药风险，自动监测全院医嘱，提高用药安全性。