刺参来源的小分子活性肽及其高效率筛选方法，属于海洋生物小分子活性肽领域。所述小分子活性肽包括两种刺参来源的高活性小分子肽，其氨基酸序列为Lys‑Phe‑Pro‑Pro‑Pro‑Met和Phe‑Asp‑Gly‑Pro‑Glu‑Gly‑Pro‑Arg。本发明利用酶解技术获得刺参酶解低聚肽产品，采用高效液相色谱‑串联质谱分析鉴定低聚肽中所含肽段的氨基酸序列，最后借助多个在线数据库对鉴定的88个肽段进行活性的综合筛选，最终获得2个高活性的小分子肽。本发明实现大量小分子活性肽产品的高通量分析鉴定及高效率活性筛选，该方法简单快速，可操作性强，易于实现，大大提高活性肽筛选成功的几率，适用于大量活性肽的前期筛选，获得多肽可用于开发具有抗乳腺癌及降高血压作用的功能性食品、保健食品及生物医药制品，具有广阔的应用前景。