本实用新型公开了一种笔式肠道菌落计数器，包括笔体，所述笔体顶端套接安装有笔头，所述笔体靠近笔头的一端上表面内嵌安装有计数按钮，所述计数按钮下方内嵌安装有计数器，所述计数器下方内嵌安装有蓄电池，所述蓄电池下方设置有复位按钮，所述笔体外表面设置有缓冲块，所述缓冲块的顶部安装有防撞盖，所述防撞盖的内部开设有进料孔，所述防撞盖的一侧安装有嵌套筒，所述嵌套筒内部安装有橡胶气泡，所述缓冲块侧壁上通过铰链安装有第一固定杆，所述第一固定杆远离缓冲块的一端通过轴承安装有转轴，所述转轴远离第一固定杆的一端安装有第一连接杆。本实用新型结构简单，通过设置缓冲块对笔式计数器起到很好的保护作用。