本实用新型公开了一种肠道菌落计数器，包括壳体，所述壳体内部下端固定安装有照射灯，所述壳体内部在照射灯上方开设有放置架凹槽，所述放置架凹槽内通过滚轮活动安装有放置架，所述放置架中央开设有培养皿放置槽，所述壳体内部在放置架凹槽上方固定设置有第一挡光板，所述第一挡光板上端中央开设有小孔，所述壳体上端固定安装有透明玻璃，所述壳体一侧上端固定安装有计数器按钮，所述壳体一侧上端的计数器按钮旁固定设置有计数器，所述壳体下端均匀安装有支撑脚，所述壳体一侧固定安装有开关，所述开关的输出端与照射灯，计数器按钮和计数器的输入端电性连接。本实用新型结构简单，图像清晰，简化工作人员的操作，且人工数数比机械的准确性更高。