本发明公开一种用于褐苞薯蓣遗传资源数据库的ISSR专用引物及其制备方法和应用。本发明选用两条背景清晰、扩增效果好和多态性高的ISSR引物，对不同产地褐苞薯蓣的DNA进行PCR扩增，构建褐苞薯蓣的遗传资源数据库。其引物为：①编号101，其引物序列为ACA CAC ACA CAC CGC；②编号121，其引物序列为ACA CAC ACA CAC TC。本发明以ISSR为起点，弥补了国内外对褐苞薯蓣分子标记研究甚少的不足，发明成果可用于褐苞薯蓣资源的遗传多样性评价、分子标记辅助育种、遗传关系与品种纯度分析等方面，具有相当大的科学价值与应用价值。