本发明提供一种真核细胞中DNA结合蛋白的染色体免疫共沉淀方法，包括：交联真核细胞悬浮液的真核细胞中的蛋白质与染色质；裂解真核细胞；剪切释放的交联的蛋白质染色质复合物；加入分别包被蛋白A、蛋白G和蛋白L的磁珠或者加入包被有蛋白A、蛋白G和蛋白L的磁珠，并加入期望的DNA结合蛋白的抗体，进行孵育；洗涤磁珠；洗脱磁珠；解交联；提取纯化DNA。还提供了相关试剂盒。本发明的真核细胞中DNA结合蛋白的染色体免疫共沉淀方法和试剂盒能大量富集目的DNA，片段能很好的控制在100‑500bp之间，有利于提高科研和临床样本的检测效果，有利于表观学研究和临床生物医药的开发和结果检测，设计巧妙，操作简便快捷，成本低，适于大规模推广应用。