本发明属于生物工程技术领域，具体涉及一种Nucyep酶的编码基因、重组表达载体、重组工程菌及其制备方法和应用。该重组Nucyep酶的编码基因的核苷酸序列如Seq ID No.2所示，或为与核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的基因具有90％以上同源性的基因。将所述Nucyep酶的编码基因与pET‑24a(+)质粒重组构成重组表达载体，并将该重组表达载体转化入大肠杆菌Rosseta(DE3)构成重组工程菌。本发明所述重组工程菌的优点在于，优化了Nucyep酶的编码基因序列，使得该重组工程菌，在乳糖诱导下，仅需几个小时即可产生大量目的蛋白。表达产物为包涵体，避免了可溶性核酸酶对宿主菌的毒性作用。且本发明提供了Nucyep酶包涵体的复性和纯化方法，效率高，流程简单，易于操作，更加适用于Nucyep酶的工业生产和推广。