本发明公开了一种对培养皿自动排序放纸的装置，包括供棉纸组件、托盘输送组件、棉纸模切组件、升降托盘组件和排序推送组件，各组件在空间交错布置；所述供棉纸组件与托盘输送组件空间交叉布置，所述棉纸模切组件位于交叉位置的中间上方，所述升降托盘组件位于交叉位置的中间最下方，所述排序推送组件布置在托盘输送组件的高度且与托盘升高处对应。本发明能够实现培养皿排序和大批量投放棉纸，工作效率高，自动化程度高，可以满足大规模生产和实验的需要。