本发明提供了一种生物酵素组合物及其提升冬虫夏草发酵水平的方法，属于生物医药技术领域。生物酵素组合物由菠萝酵素70～130份、木瓜酵素100～200份、硫酸镁1～5份、氯化钙1～3份组成。利用该生物酵素组合物提升冬虫夏草发酵水平的方法：按常规方法配制的培养基，经121℃灭菌20～30min，按培养基重量的8～12％加入生物酵素组合物于培养基中，加水至固液比1 : 8～12，混合均匀，温度45～65℃，水解3～7h后，煮沸保持10min，移入不锈钢发酵罐，冷却后接入种子罐培养的冬虫夏草种子进行发酵培养，培养温度12～29℃，周期2～18d，发酵完成后发酵液离心去上清液，干燥即得冬虫夏草菌丝体。