本发明提供了一种医药瓶筛选装置以及输送设备，其中医药瓶筛选装置包括振动盘、第一安装侧板、第二安装侧板、第一芯块、第二芯块、回收口、第一气缸、选择限位开关、以及回收管道；第一安装侧板和第二安装侧板均连接在振动盘的输出端，并且两者左右相对；第一芯块和第二芯块均连接在第一安装侧板和第二安装侧板之间，并且两者前后相对；第一芯块和第二芯块均呈L形，两者之间形成上大下小的竖直通道；回收口开设于第一安装侧板上；第一气缸安装在第二安装侧板上，并且活动方向正对回收口；回收管道连接在回收口和振动盘之间；选择限位开关呈L形，选择限位开关设于第二芯块上并且朝向第一芯块。