本发明提供一种纳米生物医用材料的生产系统及其生产方法，该生产系统包括：反应器、第一膜分离器、第二膜分离器；第一膜分离器的进料口与反应器的出料口相通，第一膜分离器的出料口与反应器的进料口相通；第二膜分离器的进料口与反应器的出料口相通，第二膜分离器的出料口与反应器的进料口相通。本发明仅需一台反应器和两台膜分离器，即可制备出纳米生物医用材料，整个生产系统简单，减少了纳米生物医用材料生产过程中涉及到的设备，进而降低医药受污染的可能性，从而有利于提高所制纳米生物医用材料的纯净度，且设备数量的减少，有利于降低纳米生物医用材料生产的生产成本。