本发明涉及一种靶向多功能纳米粒及其制备方法和应用，属于生物医药技术领域，采用超声双乳化法制备靶向多功能纳米粒，利用支化PEI与PLGA进行共价结合，将原本带负电荷的PLGA纳米粒修饰为携带正电荷的阳离子纳米粒，能够有效的吸附质粒，在循环系统中保证质粒不会因为物理作用而脱落，进入细胞后被胞内酶降解的机率也降低。该纳米粒中还含有IR780，能够靶向于肿瘤细胞线粒体，同时，IR780的强荧光和光敏剂特性使纳米粒成为一个很好的荧光和光声成像介质，方便观察肿瘤。该纳米粒中可以载药，以便联合转基因治疗，不但更有利于消灭肿瘤细胞，还能减少化疗药物的毒副作用。该靶向多功能纳米粒制备方法简单，易操作，适合扩大化生产。