本发明公开了一种基于代谢组学鉴别广陈皮与陈皮品种的方法。包括：广陈皮和陈皮样品的制备，通过超高效液相‑质谱联用仪进行检测，获得LC‑MS数据，采用UNIFI和在线生物数据库鉴定了广陈皮和陈皮样品中的化合物。然后对广陈皮和陈皮的LC‑MS原始数据进行预处理后，导入SIMCA‑P14.0软件进行多元统计分析，得到广陈皮和陈皮的标志代谢物，并通过heatmap图直观地显示了标志代谢物的变化趋势。本发明的分析结果以鉴定得到的化合物、PCA得分图、OPLS‑DA得分图、s‑plot图以及heatmap图的形式展示，清晰地揭示了广陈皮和陈皮的差异性，说明代谢组学可以用于区分广陈皮和陈皮，且技术方法先进、实验结果可靠，为陈皮品种的鉴定和质量评价提供一种优良的方法。