本发明提供一种用于移动冷链方舱的云控制系统，包括位于移动方舱内的主控制器、位于远端的云端服务器以及用于所述主控制器和所述云端服务器通信的通信模块，主控制器连接着：温湿度感应模块、温度控制模块、电池管理模块和冷凝器散热管理模块。本发明将原有分散的无法追踪数据的医药运输装备，通过物联网的技术实现数据联网。能够远程获取方舱的实时数据，实现可视化监控，避免运输途中的人为干扰。保持方舱内恒温恒湿的环境，实现数据的追踪。在温度异常时报警，推送给相关责任人及时处理异常情况。用户权限管理模块给不同的企业及企业不同的级别管理人员分配不同的权限以及不同的用户界面。从而可有效解决医疗用品储存环境监控难题。