本发明属于生物医药技术领域，具体涉及一种区别肝癌和非肝癌的肠道微生物基因标志物及其应用。本发明提供了一种用于区别肝癌和非肝癌的肠道微生物基因标志物，由SEQ ID NO : 1‑30所示的30种微生物基因组成，所述微生物基因在人体肠道中富集。本发明的微生物基因区别模型在肝癌和非肝癌患者中实现了良好的区别能力，也验证了该区别模型在中国不同地域中的可行性、适用性和普适性。