本发明公开了一种2‑氯‑5‑醛基嘧啶的制备方法，包括下列步骤：a)将起始原料2‑甲氧基‑5‑醛基嘧啶在酸性条件下发生水解反应，得到2‑羟基‑5‑醛基嘧啶即化合物I；b)将化合物I与三氯氧磷发生亲核取代反应得到2‑氯‑5‑醛基嘧啶即化合物Ⅱ。本发明的合成路线短、操作简便、原料廉价易得、产品产率较高、合成成本低及符合工业化生产的要求。