本发明属于环境生物系统工程领域，涉及一种基于微藻的光助芬顿体系处理水体有机污染物的方法；其中光助芬顿体系包括微藻生物培养过程中产生的羟氧自由基、亚铁离子、pH为3~5.5的酸性条件、光源和有机污染物；具体步骤如下：将微藻接种于废水中，调节pH，放于气候培养箱中，设置一定的温度、光照强度和光照时间，并通入一定量混有CO2的空气，进行培养；培养9d后，再次调节pH，然后加入亚铁离子，进行芬顿反应，反应结束对废水中有机物质的降解率进行检测；本发明的体系操作简单，为废水中有机物的降解提供一种新的方法；同时节约了传统芬顿试剂过氧化氢的投入、提高了体系中铁的使用效率。