本发明公开了祖师麻甲素在制备防治肠道菌群失调相关制剂中的应用，首次发现祖师麻甲素能够有效改善炎性肠病的症状，首次发现祖师麻甲素能够有效维护主体肠道菌群的平衡，有助于肠道内优势菌群结构恢复和菌群多样化，首次发现祖师麻甲素能够有效改善肠道菌群的代谢情况，促进具有保护肠粘膜完整性功能的短链脂肪酸的产生，本发明提供的具有防治肠道菌群失调相关疾病的药物组合物，可以方便和药物载体制备成多种剂型，临床上服用方便，并且使用安全，长期服用无毒副作用。