本发明属于生物医药领域，涉及一种固定化核酸酶及其制备方法。本发明的固定化核酸酶由核酸酶和固相载体组成，核酸酶通过共价键与固相载体上的基团相连接。本发明的固定化核酸酶活性大于500U/g，作用的pH范围为6～8，最适作用温度为37℃。本发明还公开了一种制备固定化核酸酶的方法。本发明的固定化核酸酶应用于医药产品的工艺中，在产品分离纯化过程中避免了核酸酶残留在终产品中，提高了产品质量。