本发明涉及一种菌体样品破碎机构，包括进样杯、蠕动泵、冷却循环机、高压均质机和收样杯，冷却循环机上设有冷水槽，冷水槽内设有样品管，样品管为螺旋结构，高压均质机包括机体，机体上设有进样槽、破碎装置，进样杯、蠕动泵、样品管、进样槽、破碎装置、收样杯依次连接，冷水槽的外部设有第一冷液通道，破碎装置的外部设有第二冷液通道，第一冷液通道的出液口与第二冷液通道的进液口连接，第一冷液通道的进液口与第二冷液通道的出液口连接。本发明结构简单、破碎效率高同时又能保证菌体下游蛋白生物学活性。