本发明公开了刺山柑提取物、其制备方法及应用。所述的制备方法，其包括如下步骤：将刺山柑粗提物的水溶液上大孔吸附树脂层析，依次用水、20％～30％乙醇和65％～75％乙醇洗脱，浓缩65％～75％乙醇的洗脱液至无醇味，与水混合，用乙酸乙酯萃取，取乙酸乙酯溶液部分即可，百分比为体积百分比。本发明所述的制备方法所得提取物所含化合物组分相对单一，且具有显著提升抗类风湿关节炎的活性作用。