本发明公开了一种复配聚六亚甲基双胍消毒液及其制备方法。所述的复配聚六亚甲基双胍消毒液的主要成分为聚六亚甲基双胍和水溶性聚季铵盐，并含有柠檬酸和辅助添加剂表面活性剂、增稠剂、保湿剂、稳定剂或pH调节剂，pH为6.5～7.0。本发明的复配聚六亚甲基双胍消毒液，在低双胍含量下，达到有效的消毒效果，满足物体表面消毒要求，适用于医疗器械等物品以及皮肤表面的消毒清洁。