本发明属于糖生物学研究领域，具体涉及一种新型N‑糖苷酶，该新型N‑糖苷酶命名为二型PNGase F，PNGaseF‑II。本发明的N‑糖苷酶能够将不同糖链结构类型(高甘露糖型糖链、复合型糖链、杂合型糖链)的N‑糖蛋白上的糖链完整切除，并且它能够切除α‑1, 3‑核心岩藻糖化的N‑糖蛋白的糖链，而已有的N‑糖苷酶F(PNGase F)对α‑1, 3‑核心岩藻糖化的N‑糖蛋白没有酶切活性。本发明的酶对N‑糖蛋白有较为广泛的底物和有较高的实际应用价值。本发明的新型N‑糖苷酶还可以用于N‑糖链结构分析、糖链的功能分析，为糖生物学以及生物医药的研究提供一种新的工具酶。