本发明提供了一种小球藻免疫活性肽的制备方法，其特征在于，采用高压均质法联合纤维素酶/果胶酶酶解提取小球藻蛋白，经特定蛋白酶解液酶解后，超滤膜分离，获得不同分子量区间的小球藻酶解肽。本发明经特定蛋白酶解液酶解后的分子量范围为0~1 kDa的小球藻多肽比其他蛋白酶酶解产物及同一特定蛋白酶解液酶解后的其他分子量大小的多肽产物具备更佳的体外巨噬细胞增殖和吞噬能力，以及促进小鼠迟发型变态反应和小鼠体内淋巴细胞增殖和转化的能力。本发明依赖于特定蛋白酶酶解液以制得更佳增强免疫力功能的小球藻活性肽，有利于增强免疫力功能保健食品和医药产品的开发利用。