本发明公开了只产一种支链氨基酸的重组菌及其应用，属于基因工程和酶工程领域。本发明敲除谷氨酸棒杆菌中BCAT编码基因ilvE，过表达来自大肠杆菌W3110的tyrB基因和谷氨酸棒杆菌ATCC13032中的aspB基因，分析其对三种支链氨基酸的催化合成作用，解决发酵过程中三种氨基酸同时存在的问题。此发明通过优化转氨酶基因，成功找到两种转氨酶基因只对L‑亮氨酸有作用，消除了其他两种氨基酸作为副产物的影响，为选育只产特定支链氨基酸菌株提供了崭新的思路。