本发明公开了一种甲基肼的清洁生产工艺，包括以下步骤(1)以一盐酸肼为起始原料，加入盐酸和甲醇进行甲基化反应，生成甲基肼盐酸盐，加入甲醇析晶后，降温分离出盐酸肼(2)滤液蒸馏回收甲醇后，加入水合肼游离，并反复加入水减压蒸馏带出甲基肼，所得馏分精馏得甲基肼；(3)蒸馏底物再加入甲醇分离出盐酸肼，母液蒸馏回收甲醇后的釜残直接套用至游离过程。本发明方法避免了水合肼和盐酸制备盐酸肼导致的水分引入和高温脱水过程，避免了产品分解，降低了能耗；既保证了后期游离的效果，同时还保证了甲基肼的收率；减少水合肼用量同时又保证了游离完全；解决了原料累积情况，解决了过多副产物盐酸肼无法消化的难题。