本发明属于医药用纳米制剂辅料制备的新方法领域，具体涉及一种树枝状纳米硅颗粒的制备方法。该方法利用十六烷基三甲基卤化铵、正硅酸酯、脂肪酸盐和去离子水作为反应原料，合成出表面结构为中心辐射状孔结构的树枝状纳米硅颗粒。本发明的制备方法条件温和，环保，易于放大生产，得到的产物结构稳定，分散性良好，可作为生物大分子或者药物、催化剂分子等的载体使用。