本发明专利制备的腐败梭菌CSA基因工程疫苗，系采用经过密码子优化的，在含有4个氨基酸突变(C54L，N264A，H269A和W310A)的基础上缺失了11个氨基酸(第212位～第222位)的重组腐败梭菌CSA(rCSAM4Δ11)生产，即最大限度地保留天然毒素的完整性和空间构象，从而保持其免疫原性，又避免了因少数氨基酸突变带来的生物安全隐患。同时，无毒的rCSAM4Δ11能够以可溶性的形式表达，从而避免了包涵体变性复性的繁琐工艺对抗原蛋白免疫原性的影响，减少了疫苗的制备时间和生产成本。此外，该疫苗还具有免疫剂量低、免疫效力好等优点，是现行腐败梭菌毒素疫苗升级换代的理想候选疫苗。