本发明公开了一种抑制流感病毒感染的藻蓝蛋白医药组合物及其制备方法，所述组合物的制备方法包括下列步骤：(a)将蓝藻与非有机溶液混合形成为一含蓝藻的悬浮溶液；(b)将所述蓝藻的悬浮溶液以低于0℃以下的温度冷冻，形成冷冻块，再于低温中融解所述冷冻块，重复此步骤两次以上；(c)分离所述冷冻块融解后的蓝藻渣和蓝藻提取液；(d)收集分离后的提取液，所收集之提取液为包含生物活性物质之蓝藻提取液。