本发明涉及一种苦瓜苷的制备方法，具体涉及一种采用多效破壁低温管线法提取苦瓜中苦瓜苷的方法。其处理步骤包括：将鲜苦瓜切片，晾干，粉碎，将原料通过超高压提取器，以100MPa的压力提取之后进入撞击流提取，然后进入空化破壁提取器进行空化作用，100%细胞壁肢解后通过超音速射流提取器；将提取液经压滤助滤分离系统后进入膜联用‑多级膜分离系统，之后进入树脂柱分离系统，得分离液；将分离液经膜联用‑多级膜浓缩系统浓缩，得浓缩液；最后将所得浓缩液经真空带式干燥器干燥，获得苦瓜苷。本发明具有劳动强度低，作业环境优良。常温运行，热敏性成分无破坏分解，目标产物有效溶出，并且环境友好，循环农业综合利用率高等优点。