本发明属于生物化工技术领域，具体涉及一种重组大肠杆菌发酵产物中L‑哌啶酸的萃取分离方法。本发明以全细胞催化制备L‑哌啶酸的发酵液为原料，经调节pH值，萃取体系萃取，分离，反萃取，沉淀结晶，最后得到哌啶酸晶体。该方法用三辛胺‑正辛醇‑三磷酸丁酯作为反应萃取体系，解决了L‑哌啶酸在水溶液中溶解度大，不易提纯分离的难题；该方法专一性强，残留杂质少，具有反应条件温和，制备步骤简单，具有工业利用价值等特点。采用本方法制得的哌啶酸晶体有杂质少，为纯品，非钠钾盐，且色素吸附少的优点，此产物可用作制备罗哌卡因等药物的中间体，广泛应用于医药、化工领域。