一种高通量数据分析方法，一种高通量数据分析方法，对高通量测序下机数据的处理包括：对下机数据进行数据分割；在对下机数据进行数据分割后，生成多个前数据片文件，在与参考基因组的所以比对完成后，将生成的多个比对结果片文件合并为一个比对结果文件；预先指定一个区域文件，将其分割成指定的多个区域子文件；将所述比对结果文件根据指定的多个区域子文件抽取数据进行再次分割，生成多个后数据片文件，提供给后续步骤处理。对于分割后获得的多个数据片的运算处理，采用集群管理工具分配包括计算节点，以及相应的CPU和内存的计算资源。