本发明公开了一种高活性重组人凝血因子IX融合蛋白及其制备方法。包括启动子，人凝血因子IX蛋白基因，人免疫球蛋白IgG1的Fc段基因和终止子。本发明利用载体将人FIX‑Fc融合蛋白基因表达盒转入哺乳动物基因组中获得转基因动物，从转基因动物乳汁中获得人FIX‑Fc融合表达蛋白。依据本发明的方法，在动物乳汁中表达的人FIX活性可达6IU/ml，平均比活可高达3000IU/mg，比天然FIX高约12倍，可用于人凝血因子IX的生产。