本发明提供一种医药级蔗糖的制备方法，利用改性豆浆与白砂糖共热煮沸后，利用壳聚糖/海藻酸钠水滑石吸附柱进行吸附得到粗滤液，豆浆蛋白质在高温下发生热变性后，和糖液里的非糖物质结合，但不吸附糖分，从而达到降低糖液浊度、去除灰分的作用，壳聚糖/海藻酸钠水滑石吸附柱对糖类物质吸附性小，但能吸附其他杂质，最后将粗滤液经过超滤膜过滤，浓缩、结晶后即可得到医药级蔗糖。本发明制备的医药级蔗糖纯度高，不使用化学原料参与工艺制备，原料利用率高，具有很好的经济效益。