本发明涉及一种磁珠清洗装置及全自动化学发光免疫分析仪。该磁珠清洗装置包括反应杯输送组件、清洗针组件、磁铁组件和至少两个清洗工位，反应杯输送组件用于输送反应杯，使得所述反应杯在不同的所述清洗工位之间移动，所述清洗针组件用于向所述反应杯中注入清洗液和从所述反应杯中吸取清洗液，所述磁铁组件包括对应于每个所述清洗工位设置的磁铁，所述磁铁能够将所述反应杯中的所述磁珠吸附于所述反应杯的杯壁，并且任意两个相邻的所述清洗工位所对应的磁铁位于所述反应杯的输送路径的两侧。本发明的磁珠清洗装置能够使得包裹在磁珠团内的磁珠得到充分的清洗。