本发明涉及兽医医药加工技术领域，具体公开一种治疗鸡球虫病的中药肽及其制备方法。所述中药肽，由以下重量份数配比的原料经酶解得到：白头翁：5‑15份，蒲公英：4‑12份，芍药：3‑9份，黄芪：3‑9份，大蒜：3‑9份，黄芩：2‑6份。其准备方法至少包括以下步骤：按照上述的重量份数称取原料，加纯化水煎煮；将得到的煎煮液降温至56‑58℃，加入淀粉酶和中性蛋白酶进行酶解，酶解结束后进行灭酶，得到酶解液，其中酶解时间为3‑4h；所述酶解液经分离、纯化和干燥后得到治疗鸡球虫病的中药肽。本发明提供的中药肽有利于鸡群疾病的消除及鸡群生长和产蛋能力的提升，鸡不易产生耐药性、药物无残留，治愈率高达95％以上。