本发明属于食品加工领域，具体涉及一种芦丁壳寡糖复合物及其制备方法和应用。包括芦丁以及壳寡糖。所述的芦丁与壳寡糖的摩尔比为1 : 1‑5。本发明提供利用壳寡糖改善芦丁抑菌性和抗氧化性，改善芦丁水溶性、降低芦丁苦味的方法，以芦丁和壳寡糖为原料，根据二者活性成分和结构的特点，通过微包埋技术制备芦丁和壳寡糖的复合物。测试复合物的抑菌性和抗氧化能力均得到显著提高，水溶性明显改善，苦味明显下降，结果显示了良好的可行性和可重复性。这为芦丁在功能性食品，医药和化妆品等领域的创新性应用提供了新的思路。