本发明涉及一种以牡丹花粉为原料制备牡丹花粉蛋白多肽的方法，以及该方法制备出的牡丹花粉蛋白多肽，和该蛋白多肽的应用。本发明的牡丹花粉蛋白多肽是牡丹花粉蛋白，或者牡丹花粉多肽。以干燥的牡丹花粉为原料，经过花粉破壁、粗蛋白提取、真空干燥，得到牡丹花粉蛋白；将牡丹花粉蛋白经过蛋白酶解、脱苦脱色、离心或过滤，得到牡丹花粉多肽。该制品可以是粉剂、颗粒、片剂、胶囊、口服液等形式。牡丹蛋白多肽具有降低胆固醇、降血压和促进脂肪代谢、抗疲劳、增强人体免疫力、调节人体生理机能等功效优势，在食品工业、保健和医药等领域具有广阔的开发应用前景。