本发明涉及生物工程领域，具体涉及一种人参皂苷Rk6的制备方法。本发明将灵芝菌种与三七进行发酵，利用灵芝复杂的酶系促使三七药材中原有的化学成分经过结构修饰或活性位点的改变，转化为人参皂苷Rk6，转化率高，可用于人参皂苷Rk6的大量制备。为后期药物开发和药理研究提供原料，对开发具有自主知识产权的新药具有了十分重要的研究意义和社会效益。同时，该方法具有反应快、专属性强、副反应少等优点，且反应条件温和可控，环保无污染。