本发明涉及药物化学、微生物医药技术领域，具体的说是一种从芽枝状枝孢菌(Cladosporium cladosporioides)的发酵产物中得到硫代大环内酯化合物及其分离纯化方法和在抑制水产病害菌活性方面的应用。硫代大环内酯化合物为式I所示化合物1和化合物2，化合物1分子式为C16H26O6S，结构式为式Ⅰ中的1，化合物2分子式为C16H28O7S，结构式为式Ⅰ中的2；本发明化合物均对水产病害菌鲇鱼爱德华氏菌Edwardsiella ictarda具有显著抑制活性，有望发展成为新型水产病害菌防治药物。