本发明提供一种用于禽畜腹泻的组合物及其制备方法和应用，涉及生物医药领域，本发明所述用于禽畜腹泻的组合物，包括白头翁汤和猪小肠抗菌肽；所述白头翁汤的原料总质量与猪小肠抗菌肽的质量比为24～90 : 200～420。本发明在白头翁汤的基础上与猪小肠抗菌肽复配，利用猪小肠抗菌肽对小肠绒毛的修复作用使隐窝修复变浅、促进肠道吸收能力，有效地促进中药有效成分被断奶仔猪肠道吸收，提升中药复方的作用效果。