本发明公开了属于基因工程技术领域的一种生产软骨素的基因工程菌及其构建方法与应用。所述生产软骨素的基因工程菌，其是将软骨素合成酶基因和UDP‑葡萄糖胺异构酶基因转入至谷氨酸棒杆菌而得到的。本发明提供的生产软骨素的基因工程菌，以谷氨酸棒杆菌为宿主，为美国食品药物管理局认定的GRAS菌株，其本身不分泌任何内毒素和外毒素，安全，可以长期被应用于氨基酸或食品添加剂等的生产，其生产的软骨素具有较高的分子量，并且较好的产量。本发明的基因工程菌的优选重组菌的软骨素产量达3.7g/L，且均为高分子量的软骨素产物，具有良好的产业化前景及医药和保健用途。