一种制备莱菔素的方法，属于分离纯化技术领域。本发明按照专利号为201510270292.5介绍的方法制备出萝卜硫苷水解液，再依次经过制备莱菔素粗分离液、配制TBP或TRPO磺化煤油萃取液、制备莱菔素初步纯化液、制备纯化莱菔素浓缩液及制备莱菔素的步骤，得到纯度为99.14％的莱菔素产品。该方法操作简便，分离精准，条件温和，节约能源，生产成本低，萃取剂可回收利用，产品稳定且纯度高，生产过程中产生的副产物均得到有效利用，无“三废”产生，是典型的绿色生产工艺，解决了莱菔素在水中易重排或异构化、产品不易长久保存等问题。采用本方法制备出的莱菔素产品可广泛用于保健品及医药领域。