本实用新型公开了一种用于医药中间体的散热存储设备，包括存储箱、摇动装置和底板，所述存储箱的右侧固定连接有摇动装置，所述摇动装置包括传动箱，所述传动箱的内部设置有传动电机，所述传动电机的输出轴贯穿传动箱且延伸至传动箱的外部，并且传动电机输出轴的表面且位于传动箱的外部固定连接有传动件，所述传动件的表面通过第一传动槽传动连接有摆动板，所述摆动板的底端通过固定轴与传动箱的表面转动连接，且摆动板表面的顶部通过第二传动槽传动连接有传动杆，所述传动杆的底端固定连接有摇杆。该用于医药中间体的散热存储设备，使其均匀散热，避免堆积发热，使搅拌更加均匀，提高搅板的效率，避免发热死角，增强散热效果。