本发明公开了基因标志物在儿童呼吸道合胞病毒感染诊断中的应用，所述基因标志物为PAFAH2与TYSND1，PAFAH2与TYSND1在RSV感染的儿童中表达下调，提示可以通过检测PAFAH2与TYSND1的表达水平诊断儿通RSV感染疾病。