本发明提供了采用肠内菌代谢制备还原型萝卜硫苷的方法及检测方法，制备厌氧培养液和肠道菌液，将厌氧培养液和肠道菌液混合孵育后得肠菌培养液，再将萝卜苷提取物加入到肠菌培养液中，在肠道菌群作用下得到含有代谢物的粗品溶液，用葡聚糖凝胶分离纯化代谢产物获得高纯度的还原型萝卜硫苷。本发明所得还原型萝卜硫苷纯度高、纯化效果好。