本发明公开了一种制备Caesalmin F的方法，包括：步骤S1，取云实种子粉末，用75％乙醇热回流提取，过滤，滤液减压浓缩至无醇味；步骤S2，富集：将浓缩至无醇味的提取液上样于AB‑8型大孔吸附树脂柱，树脂柱内径12cm，树脂柱床高度120cm，提取液上样量为2个柱体积，上样结束后关闭阀门静态吸附30min；先使用20％乙醇洗脱10个柱体积除杂，再使用70％乙醇以15mL/min的流速洗脱，收集第9个柱体积的70％乙醇洗脱液，浓缩干燥得富集物。步骤S3，将富集物用HSCCC分离纯化。本发明提供的方法步骤少、分离快，分离制备得到的化合物纯度高。